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{ file = "PyYAML-6.0-cp38-cp38-win32.whl", hash = "sha256:d4eccecf9adf6fbcc6861a38015c2a64f38b9d94838ac1810a9023a0609e1b78" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp38-cp38-win_amd64.whl", hash = "sha256:1e4747bc279b4f613a09eb64bba2ba602d8a6664c6ce6396a4d0cd413a50ce07" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl", hash = "sha256:055d937d65826939cb044fc8c9b08889e8c743fdc6a32b33e2390f66013e449b" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl", hash = "sha256:e61ceaab6f49fb8bdfaa0f92c4b57bcfbea54c09277b1b4f7ac376bfb7a7c174" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl", hash = "sha256:d67d839ede4ed1b28a4e8909735fc992a923cdb84e618544973d7dfc71540803" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_s390x.manylinux2014_s390x.whl", hash = "sha256:cba8c411ef271aa037d7357a2bc8f9ee8b58b9965831d9e51baf703280dc73d3" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl", hash = "sha256:40527857252b61eacd1d9af500c3337ba8deb8fc298940291486c465c8b46ec0" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-win32.whl", hash = "sha256:b5b9eccad747aabaaffbc6064800670f0c297e52c12754eb1d976c57e4f74dcb" }, - { file = "PyYAML-6.0-cp39-cp39-win_amd64.whl", hash = "sha256:b3d267842bf12586ba6c734f89d1f5b871df0273157918b0ccefa29deb05c21c" }, - { file = "PyYAML-6.0.tar.gz", hash = "sha256:68fb519c14306fec9720a2a5b45bc9f0c8d1b9c72adf45c37baedfcd949c35a2" }, -] recommonmark = [ { file = "recommonmark-0.7.1-py2.py3-none-any.whl", hash = "sha256:1b1db69af0231efce3fa21b94ff627ea33dee7079a01dd0a7f8482c3da148b3f" }, { file = "recommonmark-0.7.1.tar.gz", hash = "sha256:bdb4db649f2222dcd8d2d844f0006b958d627f732415d399791ee436a3686d67" }, @@ -1098,8 +990,8 @@ snowballstemmer = [ { file = "snowballstemmer-2.2.0.tar.gz", hash = "sha256:09b16deb8547d3412ad7b590689584cd0fe25ec8db3be37788be3810cbf19cb1" }, ] sphinx = [ - { file = "Sphinx-4.3.0-py3-none-any.whl", hash = "sha256:7e2b30da5f39170efcd95c6270f07669d623c276521fee27ad6c380f49d2bf5b" }, - { file = "Sphinx-4.3.0.tar.gz", hash = "sha256:6d051ab6e0d06cba786c4656b0fe67ba259fe058410f49e95bee6e49c4052cbf" }, + { file = "Sphinx-4.3.1-py3-none-any.whl", hash = "sha256:048dac56039a5713f47a554589dc98a442b39226a2b9ed7f82797fcb2fe9253f" }, + { file = "Sphinx-4.3.1.tar.gz", hash = "sha256:32a5b3e9a1b176cc25ed048557d4d3d01af635e6b76c5bc7a43b0a34447fbd45" }, ] sphinx-autobuild = [ { file = "sphinx-autobuild-2021.3.14.tar.gz", hash = "sha256:de1ca3b66e271d2b5b5140c35034c89e47f263f2cd5db302c9217065f7443f05" }, @@ -1113,10 +1005,6 @@ sphinxcontrib-applehelp = [ { file = "sphinxcontrib-applehelp-1.0.2.tar.gz", hash = "sha256:a072735ec80e7675e3f432fcae8610ecf509c5f1869d17e2eecff44389cdbc58" }, { file = "sphinxcontrib_applehelp-1.0.2-py2.py3-none-any.whl", hash = "sha256:806111e5e962be97c29ec4c1e7fe277bfd19e9652fb1a4392105b43e01af885a" }, ] -sphinxcontrib-bibtex = [ - { file = "sphinxcontrib-bibtex-2.4.1.tar.gz", hash = "sha256:282223309bbaf34cd20a8fe1ba346fe8642f403a8930607e77a8cb08ae81fc5f" }, - { file = "sphinxcontrib_bibtex-2.4.1-py3-none-any.whl", hash = "sha256:b7da94e960a855c07c6816c7b0f4e8619b5b3ada00a5cb99b1eaa847a788f779" }, -] sphinxcontrib-devhelp = [ { file = "sphinxcontrib-devhelp-1.0.2.tar.gz", hash = "sha256:ff7f1afa7b9642e7060379360a67e9c41e8f3121f2ce9164266f61b9f4b338e4" }, { file = "sphinxcontrib_devhelp-1.0.2-py2.py3-none-any.whl", hash = "sha256:8165223f9a335cc1af7ffe1ed31d2871f325254c0423bc0c4c7cd1c1e4734a2e" }, diff --git a/backend/pyproject.toml b/backend/pyproject.toml index 0fe9bad..b226087 100644 --- a/backend/pyproject.toml +++ b/backend/pyproject.toml @@ -22,7 +22,6 @@ lazy-object-proxy = "^1.6.0" Sphinx = "^4.2.0" sphinx-rtd-theme = "^1.0.0" sphinx-autobuild = "^2021.3.14" -sphinxcontrib-bibtex = "^2.4.1" rinohtype = "^0.5.3" Pillow = "^8.4.0" jsx-lexer = "^1.0.0" diff --git a/thesis/source/conf.py b/thesis/source/conf.py index 69d5d31..a48b4be 100644 --- a/thesis/source/conf.py +++ b/thesis/source/conf.py @@ -17,7 +17,6 @@ extensions = [ "sphinx.ext.intersphinx", "sphinx.ext.autosectionlabel", "sphinx.ext.todo", - "sphinxcontrib.bibtex", ] # Source files encoding @@ -153,12 +152,6 @@ todo_include_todos = True # TODO: Change to false in the final version todo_emit_warnings = False todo_link_only = False -# BibTeX -bibtex_bibfiles = [ - "refs.bib", -] -bibtex_reference_style = "super" - # Rinohtype rinoh_documents = [ { diff --git a/thesis/source/docs/3_presentazione/index.rst b/thesis/source/docs/3_presentazione/index.rst index f807810..fa70167 100644 --- a/thesis/source/docs/3_presentazione/index.rst +++ b/thesis/source/docs/3_presentazione/index.rst @@ -9,7 +9,7 @@ Ricerca collaborativa Nelle scienze, sia teoriche, sia sperimentali, si verifica spesso la necessità di dover prendere appunti e condividere appunti sulla ricerca effettuata. -Mentre in passato a tale scopo venivano utilizzati quaderni di carta (detti anche *"blocchi note laboratoriali"* :cite:`enwiki:993314047`), con la nascita dell'informatica si iniziarono ad utilizzare strumenti digitali, più comodi ed efficienti: inizialmente, semplici sistemi di composizione tipografica come *TeX*, poi editor :abbr:`WYSIWYG (What You See Is What You Get)` come *Microsoft Word*, arrivando infine negli ultimi anni ai più avanzati e interattivi `notebook computazionali `. +Mentre in passato a tale scopo venivano utilizzati quaderni di carta (detti anche *"blocchi note laboratoriali"* [enwiki:993314047]_), con la nascita dell'informatica si iniziarono ad utilizzare strumenti digitali, più comodi ed efficienti: inizialmente, semplici sistemi di composizione tipografica come *TeX*, poi editor :abbr:`WYSIWYG (What You See Is What You Get)` come *Microsoft Word*, arrivando infine negli ultimi anni ai più avanzati e interattivi `notebook computazionali `. .. index:: @@ -22,7 +22,7 @@ I primi sistemi utilizzati in ambito accademico per la creazione di documenti er Sono esempi di sistemi di composizione tipografica `TeX `_, usato ancora oggi in combinazione con il sistema `LaTeX `_ per comporre documenti accademici come paper e tesi (inclusa questa), e `roff `_, su cui si basa oggi lo strumento `groff `_ per comporre le pagine di manuale dei sistemi operativi Unix-like. -Un esempio di documento LaTeX :cite:`overleaf:learn30mins` è il seguente: +Un esempio di documento LaTeX [overleaf:learn30mins]_ è il seguente: .. code-block:: latex @@ -102,7 +102,7 @@ Jupyter Come tutti i notebook computazionali è strutturato in celle, le quali possono contenere testo, dati oppure codice di programmazione con relativo output. -Prende ispirazione dai `web-based editor `, permettendo agli utenti di modificare i notebook direttamente da un browser web, e include rudimentali funzionalità di collaborazione in tempo reale :cite:`jupyter:collaboration`. +Prende ispirazione dai `web-based editor `, permettendo agli utenti di modificare i notebook direttamente da un browser web, e include rudimentali funzionalità di collaborazione in tempo reale [jupyter:collaboration]_. .. figure:: hist_example.png @@ -127,7 +127,7 @@ Kernel Jupyter Il kernel è la parte di Jupyter che si occupa di eseguire le celle del notebook, restituendone i risultati al `server `. -Per ogni linguaggio di programmazione che si desidera utilizzare nel notebook è necessario il relativo **kernel**: il kernel predefinito di Jupyter è `IPython `_, che permette di utilizzare il linguaggio di programmazione `Python `_; sono però disponibili tanti altri kernel, tra cui uno per `Julia `_ e uno per `R `_ :cite:`jupyter:kernels`. +Per ogni linguaggio di programmazione che si desidera utilizzare nel notebook è necessario il relativo **kernel**: il kernel predefinito di Jupyter è `IPython `_, che permette di utilizzare il linguaggio di programmazione `Python `_; sono però disponibili tanti altri kernel, tra cui uno per `Julia `_ e uno per `R `_ [jupyter:kernels]_. .. index:: @@ -201,8 +201,8 @@ Hosting on-premises È possibile configurare un **server della propria istituzione** in modo tale che esegua uno o più `server Jupyter ` a cui si connetteranno i `client `. -A tale scopo, è disponibile il progetto `JupyterHub `_, in grado di gestire migliaia di utenti simultanei :cite:`jupyter:ifaq`, ciascuno con il proprio notebook. +A tale scopo, è disponibile il progetto `JupyterHub `_, in grado di gestire migliaia di utenti simultanei [jupyter:ifaq]_, ciascuno con il proprio notebook. È performante ed efficace, e in base alla configurazione scelta dall'amministratore, può permettere agli utenti di personalizzare il loro ambiente di lavoro con plugin. -L'interfaccia di gestione utenti e notebook è però molto essenziale, essendo un progetto piuttosto nuovo, e in aggiunta non supporta nativamente la collaborazione real-time su un singolo notebook, preferendo il modello *"tanti server Jupyter da utente singolo"* :cite:`jupyter:hub`. +L'interfaccia di gestione utenti e notebook è però molto essenziale, essendo un progetto piuttosto nuovo, e in aggiunta non supporta nativamente la collaborazione real-time su un singolo notebook, preferendo il modello *"tanti server Jupyter da utente singolo"* [jupyter:hub]_. diff --git a/thesis/source/docs/4_progetto/index.rst b/thesis/source/docs/4_progetto/index.rst index f541541..55a4d75 100644 --- a/thesis/source/docs/4_progetto/index.rst +++ b/thesis/source/docs/4_progetto/index.rst @@ -191,7 +191,7 @@ La sua sintassi è semplice ed human-friendly, come è possibile vedere dal segu for animale in zoo: animale.verso() -La sua semplicità e l'enorme quantità di librerie a disposizione lo ha reso il secondo linguaggio di programmazione più popolare al mondo :cite:`so:survey2021`, subito dopo `JavaScript`; proprio per questi motivi è stato scelto per lo sviluppo del modulo backend. +La sua semplicità e l'enorme quantità di librerie a disposizione lo ha reso il secondo linguaggio di programmazione più popolare al mondo [so:survey2021]_, subito dopo `JavaScript`; proprio per questi motivi è stato scelto per lo sviluppo del modulo backend. .. index:: @@ -552,7 +552,7 @@ Docker Immagini Docker ^^^^^^^^^^^^^^^ -Le *immagini* Docker sono sequenze di regole e insiemi di file per la creazione di un `container `, tipicamente partendo da un altro container come base. :cite:`docker:overview` +Le *immagini* Docker sono sequenze di regole e insiemi di file per la creazione di un `container `, tipicamente partendo da un altro container come base. [docker:overview]_ Utilizzano un filesystem copy-on-write a strati: vengono registrate all'interno dell'immagine solamente le modifiche che ogni regola ha apportato al filesystem interno, rendendo le immagini molto più leggere di quanto lo sarebbero se dovesse essere salvato tutto il disco virtuale. @@ -565,7 +565,7 @@ Possono essere comparate a immagini di macchine virtuali con tanti "punti di rip Container Docker ^^^^^^^^^^^^^^^^ -I *container* Docker sono istanze di `immagini ` che possono essere eseguite dal `Docker Engine` :cite:`docker:overview`. +I *container* Docker sono istanze di `immagini ` che possono essere eseguite dal `Docker Engine` [docker:overview]_. Sono l'equivalente di un'intera macchina virtuale, che può essere avviata o arrestata. @@ -576,7 +576,7 @@ Sono l'equivalente di un'intera macchina virtuale, che può essere avviata o arr Network Docker ^^^^^^^^^^^^^^ -I *network* Docker sono astrazioni per vari tipi di reti di calcolatori: in particolare, essi permettono di collegare vari `container ` ad una rete locale virtuale, permettendone l'interazione :cite:`docker:networking`. +I *network* Docker sono astrazioni per vari tipi di reti di calcolatori: in particolare, essi permettono di collegare vari `container ` ad una rete locale virtuale, permettendone l'interazione [docker:networking]_. All'interno di un network è disponibile una funzionalità di risoluzione automatica degli indirizzi IP virtuali dei container: per accedere al container ``pear`` in HTTP, ad esempio, sarà sufficiente utilizzare ``apple`` come se fosse un nome di dominio: ``http://pear/``. @@ -589,7 +589,7 @@ Sono una versione più potente dei moduli di rete per macchine virtuali. Volumi Docker ^^^^^^^^^^^^^ -I *volumi* Docker sono astrazioni per filesystem che permettono la condivisione di file tra container :cite:`docker:volumes`. +I *volumi* Docker sono astrazioni per filesystem che permettono la condivisione di file tra container [docker:volumes]_. Essi vengono montati all'interno di un container in una cartella configurabile detta *mount point*; tutti i container con accesso al volume vedranno gli stessi file all'interno di essa. @@ -687,7 +687,7 @@ GitHub `GitHub `_ è un servizio web di Microsoft per l'hosting e la pubblicazione di repository Git. -Per ciascun repository sono messe a disposizione gratuitamente numerose funzionalità, quali un issue tracker, strumenti di code review e sistemi di automazione per lo sviluppo :cite:`github:features`. +Per ciascun repository sono messe a disposizione gratuitamente numerose funzionalità, quali un issue tracker, strumenti di code review e sistemi di automazione per lo sviluppo [github:features]_. Affero General Public License 3.0+ diff --git a/thesis/source/docs/9_bibliografia/index.rst b/thesis/source/docs/9_bibliografia/index.rst index 2fcee18..b7a5146 100644 --- a/thesis/source/docs/9_bibliografia/index.rst +++ b/thesis/source/docs/9_bibliografia/index.rst @@ -1,10 +1,65 @@ :github_url: https://github.com/Steffo99/sophon/blob/main/thesis/source/8_appendice/index.rst -.. only:: html +************ +Bibliografia +************ - ************ - Bibliografia - ************ +.. [matplotlib:histograms] -.. bibliography:: - :all: + Matplotlib. **Histograms**. + https://web.archive.org/web/20210815080710/https://matplotlib.org/stable/gallery/statistics/hist.html + +.. [jupyter:ifaq] + + Project Jupyter. **Institutional FAQ**. + https://web.archive.org/web/20200317115530/https://jupyterhub.readthedocs.io/en/stable/getting-started/institutional-faq.html + +.. [jupyter:hub] + + Project Jupyter. **JupyterHub**. + https://web.archive.org/web/20211115163603/https://jupyterhub.readthedocs.io/en/stable/ + +.. [jupyter:kernels] + + Project Jupyter. **Jupyter kernels**. + https://web.archive.org/web/20211118154819/https://github.com/jupyter/jupyter/wiki/Jupyter-kernels + +.. [jupyter:collaboration] + + Project Jupyter. **Real Time Collaboration**. + https://web.archive.org/web/20211118174617/https://jupyterlab.readthedocs.io/en/stable/user/rtc.html + +.. [enwiki:993314047] + + English Wikipedia. **Electronic lab notebook**. + https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Electronic_lab_notebook&oldid=993314047 + +.. [overleaf:learn30mins] + + Overleaf. **Learn LaTeX in 30 minutes**. + https://web.archive.org/web/20211116220924/https://www.overleaf.com/learn/latex/Learn_LaTeX_in_30_minutes + +.. [so:survey2021] + + Stack Overflow. **2021 Developer Survey**. + https://web.archive.org/web/20211126152610/https://insights.stackoverflow.com/survey/2021 + +.. [docker:overview] + + Docker. **Overview**. + https://web.archive.org/web/20211121165850/https://docs.docker.com/get-started/overview/ + +.. [docker:networking] + + Docker. **Networking overview**. + https://web.archive.org/web/20211111155419/https://docs.docker.com/network/ + +.. [docker:volumes] + + Docker. **Use volumes**. + https://web.archive.org/web/20211121172749/https://docs.docker.com/storage/volumes/ + +.. [github:features] + + GitHub. **Features**. + https://web.archive.org/web/20211124034005/https://github.com/features