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Esperimenti con pandaSDMX per il tirocinio Unimore
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{ "cells": [ { "cell_type": "markdown", "source": [ "# PandaSDMX\n", "\n", "- [Documentazione aggiornata (v1.4.1)](https://pandasdmx.readthedocs.io/en/latest/)\n", "- [Esempio breve (con poche spiegazioni)](https://pandasdmx.readthedocs.io/en/master/example.html)\n", "- [Esempio approfondito (ma non troppo aggiornato)](https://pandasdmx.readthedocs.io/en/latest/walkthrough.html)" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "## Installazione\n", "\n", "- L'ultima versione non funziona con Pydantic 1.8.1 ma richiede 1.7 ([dr-leo/pandaSDMX#204](https://github.com/dr-leo/pandaSDMX/issues/204))" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "!pip install pandasdmx pydantic==1.7" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "## Esempio" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "import pandas\n", "import pandasdmx\n", "\n", "# Per type annotations\n", "import pandasdmx.message\n", "import pandasdmx.model\n", "import pandasdmx.source\n", "import pandasdmx.source.estat" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "È possibile selezionare tra più fonti di dati, tra i quali Eurostat (`ESTAT`)." ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "> __Request__: client di comunicazione tra `pandasdmx` e un server di dati come Eurostat\n", "\n", "Come prima cosa, è necessario creare un'istanza di `pandasdmx.Request`:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "eurostat: pandasdmx.Request = pandasdmx.Request(\"ESTAT\")\n", "eurostat" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "> __Dataflow__: set di metadati relativi a una misura effettuata (ad esempio, `educ_enrl1ad - Students by ISCED level, study intensity and sex`)\n", "\n", "> __Message__: risposta HTTPS ricevuta in seguito a una richiesta effettuata ad un server di dati\n", "\n", "Poi, scarichiamo _tutti_ i dataflow disponibili usando `.dataflow()` sul client creato in precedenza per effettuare una richiesta al server Eurostat, creando un `pandasdmx.message.Message`:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "all_flows_msg: pandasdmx.message.Message = eurostat.dataflow()\n", "all_flows_msg" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "> __Series__: una specie di `dict` più veloce e avanzato implementato da `pandas`\n", "\n", "PandaSDMX ha la funzionalità che cercavamo di cercare dataset per keyword!\n", "\n", "Per effettuare la ricerca, usiamo il metodo `.to_pandas()` per convertire il `Message` in oggetti Python e/o `pandas`, poi usiamo i metodi \"nativi\" per trovare quello che ci serve:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "# Converte i risultati in due Series di pandas, una con i dataflow e una con la loro relativa struttura\n", "_dict: dict[str, pandas.Series] = all_flows_msg.to_pandas()\n", "all_flows: pandas.Series = _dict[\"dataflow\"]\n", "all_structs: pandas.Series = _dict[\"structure\"]\n", "all_flows, all_structs" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "# Cerchiamo nella Series i allflows la cui descrizione contiene \"student\"\n", "# https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/reference/api/pandas.Series.str.contains.html\n", "student_flows: pandas.Series = all_flows[all_flows.str.contains(\"student\", case=False)]\n", "student_flows" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Per continuare gli esperimenti, prendiamo il primo dataflow tra quelli contenenti `\"student\"` nel label:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_flow_label = student_flows.index[0]\n", "my_flow_label" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Usiamo il label per chiamare di nuovo `.dataflow()`, specificando però stavolta il dataflow di cui ci interessano i dettagli:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_flow_msg: pandasdmx.message.Message = eurostat.dataflow(my_flow_label)\n", "my_flow: pandasdmx.model.DataflowDefinition = my_flow_msg.dataflow[my_flow_label]\n", "my_flow" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "> __Structure__: metadati su come sono strutturate le misure di un dataflow (cosa è stato misurato, quali filtri è possibile applicare, note, etc)\n", "\n", "_Particolarità di Eurostat: la structure va richiesta separatamente dal dataflow, in quanto tutti i campi a parte `id` di `dataflow.structure` sono sempre vuoti._\n", "\n", "Scopriamo prima il label della structure, poi scarichiamo da Eurostat la structure del dataflow che ci interessa con il metodo `.datastructure()`:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_struct_label: pandasdmx.source.DataStructureDefinition = my_flow.structure.id\n", "my_struct_msg: pandasdmx.message.Message = eurostat.datastructure(my_struct_label)\n", "my_struct: pandasdmx.source.DataStructureDefinition = my_struct_msg.structure[my_struct_label]\n", "my_struct" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Ispezioniamo la structure che abbiamo scaricato, visualizzandola contemporaneamente [sul Data Explorer di Eurostat](https://ec.europa.eu/eurostat/databrowser/view/educ_enrl1ad/default/table?lang=en)\n", "\n", "> __Measures__: valori aggregati relativi alle misure effettuate, simili a `COUNT(*)` dell'SQL\n", "\n", "> __Dimensions__: filtri applicabili ai dati raccolti in modo simile all'`HAVING` dell'SQL\n", "\n", "> __Attributes__: ???\n", "\n", "> __Annotations__: commenti che possono essere aggiunti al dataflow" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_struct.annotations, my_struct.measures, my_struct.attributes, my_struct.dimensions" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Infine, richiediamo i dati da Eurostat, limitandoli a quelli dell'`IT`alia dal 2010 in poi e selezionando solo il `WORKTIME` `TOTAL`, e convertiamoli in una Series multi-chiave:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_data_msg: pandasdmx.message.Message = eurostat.data(my_flow_label, key={\"GEO\": \"IT\", \"WORKTIME\": \"TOTAL\"}, params={\"startPeriod\": \"2010\"})\n", "my_data_series: pandas.Series = my_data_msg.to_pandas()\n", "my_data_series" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "> __DataFrame__: Tabella di dati di `pandas`, implementata come array di Series\n", "\n", "Per avere una rappresentazione migliore dei dati sul notebook, convertiamo la Series a un DataFrame:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_data: pandas.DataFrame = my_data_series.to_frame()\n", "my_data" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Inoltre, per semplificarne le query, \"appiattiamo\" il [MultiIndex](https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/advanced.html) trasformandolo in normalissime colonne:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_data.reset_index(inplace=True)\n", "my_data" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Abbiamo finalmente i dati, e possiamo manipolarli come un qualsiasi DataFrame di `pandas`, in modo molto simile a una tabella SQL:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "# Il numero di studenti [M]aschi, [F]emmine e [T]otali in Italia nel [2010], [2011] e [2012]\n", "my_data.groupby([\"FREQ\", \"TIME_PERIOD\", \"SEX\"]).first()" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "## Sorgenti dati\n", "\n", "Tra le sorgenti di dati di cui abbiamo parlato, sono [completamente supportate](https://pandasdmx.readthedocs.io/en/latest/sources.html):\n", "\n", "- `ESTAT` - Eurostat\n", "- `ISTAT` - ISTAT\n", "\n", "Queste sorgenti non supportano lo standard `SDMX-MD` ma solo lo standard `SDMX-JSON`, che [non supporta query di metadati e struttura](https://pandasdmx.readthedocs.io/en/latest/sources.html#data-source-limitations):\n", "\n", "- `OECD` - Organisation for Economic Cooperation and Development" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "## Archiviazione dati\n", "\n", "Se si vogliono replicare dati provenienti da queste fonti, si potrebbe usare tranquillamente un database **relazionale** (SQL) le cui tabelle sono generate a runtime in base alla struttura del dataflow desiderato.\n", "\n", "[SQLAlchemy](https://www.sqlalchemy.org/) potrebbe essere utile in questo caso; non sono particolarmente familiare con l'[ORM di Django](https://docs.djangoproject.com/en/3.1/topics/db/models/), ma sembrano molto simili (anche se [si direbbe che SQLAlchemy supporti query più complesse](https://stackoverflow.com/questions/18199053/example-of-what-sqlalchemy-can-do-and-django-orm-cannot))." ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "## Filtraggio in base a `TIME_PERIOD`\n", "\n", "È possibile capire se un DataFrame ha una colonna `TIME_PERIOD` in questo modo:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "\"TIME_PERIOD\" in list(my_data.columns)" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "I `TIME_PERIOD` possono essere misurati in modi diversi: anni, quadrimestri, giorni, etc...\n", "\n", "I valori possibili sono:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "list(my_struct.dimensions.get(\"FREQ\").local_representation.enumerated)" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Per capire quali sono disponibili, si può effettuare una query aggregata:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "list(my_data.groupby([\"FREQ\"]).any().index)" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "In questo caso, è disponibile solo `A`, il che significa che le misurazioni sono **eseguite solo annualmente**.\n", "\n", "Possiamo trovare il \"periodo\" più recente con una query sulla tabella:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "latest_period = my_data[\"TIME_PERIOD\"].max()\n", "latest_period" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "Possiamo filtrare i dati in modo da avere solo quelli del periodo desiderato:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_data.loc[my_data[\"TIME_PERIOD\"] == latest_period]" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "markdown", "source": [ "In generale, possiamo applicare ulteriori filtri effettuando accessi agli elementi (`__getitem__`) della proprietà `loc` del dataframe:" ], "metadata": { "collapsed": false } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [ "my_data.loc[my_data[\"SEX\"] == \"M\"]" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "code", "execution_count": 26, "outputs": [ { "data": { "text/plain": " FREQ UNIT ISCED97 SEX WORKTIME GEO TIME_PERIOD value\n5 A NR ED0 M TOTAL IT 2012 879256.0", "text/html": "<div>\n<style scoped>\n .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n vertical-align: middle;\n }\n\n .dataframe tbody tr th {\n vertical-align: top;\n }\n\n .dataframe thead th {\n text-align: right;\n }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n <thead>\n <tr style=\"text-align: right;\">\n <th></th>\n <th>FREQ</th>\n <th>UNIT</th>\n <th>ISCED97</th>\n <th>SEX</th>\n <th>WORKTIME</th>\n <th>GEO</th>\n <th>TIME_PERIOD</th>\n <th>value</th>\n </tr>\n </thead>\n <tbody>\n <tr>\n <th>5</th>\n <td>A</td>\n <td>NR</td>\n <td>ED0</td>\n <td>M</td>\n <td>TOTAL</td>\n <td>IT</td>\n <td>2012</td>\n <td>879256.0</td>\n </tr>\n </tbody>\n</table>\n</div>" }, "execution_count": 26, "metadata": {}, "output_type": "execute_result" } ], "source": [ "(\n", " my_data\n", " .loc[my_data[\"TIME_PERIOD\"] == latest_period]\n", " .loc[my_data[\"SEX\"] == \"M\"]\n", " .loc[my_data[\"ISCED97\"] == \"ED0\"]\n", ")" ], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } }, { "cell_type": "code", "execution_count": null, "outputs": [], "source": [], "metadata": { "collapsed": false, "pycharm": { "name": "#%%\n" } } } ], "metadata": { "kernelspec": { "display_name": "Python 3", "language": "python", "name": "python3" }, "language_info": { "codemirror_mode": { "name": "ipython", "version": 2 }, "file_extension": ".py", "mimetype": "text/x-python", "name": "python", "nbconvert_exporter": "python", "pygments_lexer": "ipython2", "version": "2.7.6" } }, "nbformat": 4, "nbformat_minor": 0 }