È divisa in tre parti: un **manuale utente** che illustra i concetti chiave che un utente di Sophon deve sapere per utilizzarlo, una **guida per l'amministratore** che fornisce le conoscenze necessarie al deployment del software, e infine una **documentazione tecnica** per i programmatori interessati a capire il funzionamento a livello di codice dell'applicazione.
Si è cercato di mantenere il registro di ciascuna parte al livello tecnico del pubblico a cui è destinata, pertanto è possibile osservare alcune **semplificazioni** nelle prime parti.