mirror of
https://github.com/Steffo99/unimore-bda-5.git
synced 2024-11-21 23:54:24 +00:00
901 lines
No EOL
62 KiB
Markdown
901 lines
No EOL
62 KiB
Markdown
\[ Stefano Pigozzi | Grafo "creato da zero" | Tema Graph Analytics | Big Data Analytics | A.A. 2022/2023 | Unimore \]
|
||
|
||
# Analisi su grafo Neo4J relativo alle dipendenze delle crates del linguaggio Rust
|
||
|
||
> ### Graph analytics
|
||
>
|
||
> Obiettivo dell’attività è analizzare il data graph di una Sandbox di Neo4j (esclusa quella vista a lezione) attraverso la definizione di almeno due research question che possano essere risolte attraverso le tecniche di graph analytics viste a lezione.
|
||
>
|
||
> L’attività consisterà nello studio delle research question attraverso la progettazione, l’implementazione e l’esecuzione di almeno 4 tecniche distinte e una loro interpretazione nel contesto della Sandbox scelta.
|
||
>
|
||
> Alcune precisazioni riguardo l’attività richiesta:
|
||
>
|
||
> * Le Sandbox di Neo4J che possono essere usate a questo scopo sono quelle che hanno installato la Graph Data Science (GDS) Library.
|
||
> * L’attività di progettazione consisterà
|
||
> 1. nella definizione delle proiezioni che saranno memorizzate in named graph, Almeno una proiezione dovrà essere una Cypher Projection;
|
||
> 2. nella scelta degli algoritmi. In questa fase, si farà uso delle funzioni di memory estimation.
|
||
>
|
||
> * Le tecniche potranno essere implementate sia usando gli algoritmi di GDS messi a disposizione da Neo4J sia attraverso l’esecuzione di query Cypher. Le tecniche implementate non dovranno essere già presenti nella Sandbox.
|
||
>
|
||
> Il risultato dell’attività sarà un documento contenente
|
||
>
|
||
> * una breve descrizione della Sandbox scelta, dello schema del grafo analizzato e delle principali caratteristiche;
|
||
> * una descrizione delle research question e della soluzione proposta inclusa la progettazione delle tecniche proposte che dovrà essere adeguatamente giustificata;
|
||
> * il codice delle query eseguite sulla Sandbox, i risultati ottenuti e l’interpretazione dei risultati ottenuti che rappresenteranno le risposte alle research question.
|
||
>
|
||
> Le attività verranno valutate sulla base dei seguenti criteri:
|
||
>
|
||
> * storytelling: la Sandbox è ben descritta? le research question proposte sono adeguate alle caratteristiche del grafo analizzato?
|
||
> * progettazione della graph analytics e analisi dei risultati:
|
||
> * Le proiezioni e gli algoritmi individuati sono adeguati in termini di correttezza e completezza a rispondere alle research question?
|
||
> * L’interpretazione dei risultati risponde alle research quesion?
|
||
> * complessità dell’implementazione
|
||
>
|
||
> #### Corrispondenza
|
||
>
|
||
> > \[...\] Ho installato la Graph Data Science library sul grafo che ho realizzato per la precedente attività, ed adesso sarei interessato a svolgere l'attività di Graph Analytics su di esso.
|
||
> >
|
||
> > È un'opzione prevista dalla consegna, oppure non è consentita?
|
||
>
|
||
> > Si è consentita ma la dimensione del grafo deve essere sufficiente per fare Graph Analytics.
|
||
|
||
## Sinossi
|
||
|
||
Si sono effettuate ricerche di Graph Analytics sul database a grafo dell'indice [Crates.io], realizzato per il progetto a tema Neo4J, determinando le crate più importanti all'ecosistema attraverso gli algoritmi di *Degree Centrality*, *Betweenness Centrality*, e *PageRank*, e ricercando community di tag per migliorare la classificazione delle crate nell'indice attraverso gli algoritmi di *Louvain*, *Label Propagation*, e *Leiden*.
|
||
|
||
## Introduzione
|
||
|
||
> Per informazioni su cosa è una crate in Rust, come è formata, o come è stato costruito il dataset utilizzato, si veda l'[introduzione della relazione del progetto a tema Neo4J].
|
||
|
||
All'interno di questa relazione si esplorano due diverse *research questions*, marcate rispettivamente con i simboli 1️⃣ e 2️⃣.
|
||
|
||
### 1️⃣ Quali sono le crate più importanti dell'ecosistema Rust?
|
||
|
||
Un'informazione utile da sapere per gli sviluppatori del linguaggio Rust e per i manutentori dell'indice [Crates.io] sono i nomi delle crate più importanti nell'indice.
|
||
|
||
Alcuni esempi di casi in cui il dato di importanza delle crate potrebbe essere utile sono:
|
||
- selezionare anticipatamente le crate su cui effettuare caching più aggressivo
|
||
- determinare le crate più a rischio di supply chain attack
|
||
- prioritizzare determinate crate da testare in caso di modifiche al compilatore
|
||
|
||
Lo scopo di questa ricerca è quello di determinare, attraverso indagini sulla rete di dipendenze, un valore di importanza per ciascuna crate, e una classifica delle 10 crate più importanti dell'indice.
|
||
|
||
### 2️⃣ Quali potrebbero essere altre *category* utilizzabili per classificare crate?
|
||
|
||
Affinchè le crate pubblicate possano essere utilizzate, non è sufficiente che esse vengano indicizzate: è necessario anche che gli sviluppatori che potrebbero farne uso vengano al corrente della loro esistenza.
|
||
|
||
Nasce così il problema della *discoverability*, ovvero di rendere più facile possibile per gli sviluppatori le migliori crate con le funzionalità a loro necessarie.
|
||
|
||
A tale fine, [Crates.io] permette agli autori di ciascuna crate di specificare fino a 5 *keyword* (brevi stringhe arbitrarie alfanumeriche, come `logging` o `serialization`) per essa, attraverso le quali è possibile trovare la crate tramite funzionalità di ricerca del sito, e fino a 5 *category* (chiavi predefinite in un apposito [thesaurus], come `Aerospace :: Unmanned aerial vehicles`), che inseriscono la crate in raccolte tematiche sfogliabili.
|
||
|
||
Lo scopo di questa ricerca è quello di determinare, attraverso indagini sulle *keyword*, nuove possibili *category* da eventualmente introdurre nell'indice, ed eventualmente sperimentare un metodo innovativo per effettuare classificazione automatica delle crate.
|
||
|
||
## Struttura del progetto
|
||
|
||
Il progetto è organizzato nelle seguenti directory:
|
||
|
||
- `README.md`: questo stesso file
|
||
- `scripts/`: le query presenti in questa relazione come file separati, per una più facile esecuzione
|
||
|
||
## Prerequisiti
|
||
|
||
Si è scelto di utilizzare un clone del DBMS Neo4J gestito da Neo4J Desktop del progetto precedente.
|
||
|
||
### Neo4J Desktop (1.5.7)
|
||
|
||
Per effettuare il clone del DBMS, è stato sufficiente aprire il menu <kbd>···</kbd> del DBMS originale e cliccare l'opzione <kbd>Clone</kbd> presente al suo interno.
|
||
|
||
### Graph Data Science Library (2.3.3)
|
||
|
||
Per installare la [Graph Data Science Library], si è cliccato sul nome del database clonato, si ha selezionato la scheda <kbd>Plugins</kbd>, aperto la sezione <kbd>Graph Data Science Library</kbd>, e infine premuto su <kbd>Install</kbd>.
|
||
|
||
## Concetti
|
||
|
||
### Graph Catalog
|
||
|
||
La [Graph Data Science Library] non è in grado di operare direttamente sul grafo, ma opera su delle proiezioni di parti di esso immagazzinate effimeramente all'interno di uno storage denominato [Graph Catalog], al fine di permettere agli algoritmi di operare con maggiore efficienza su un sottoinsieme mirato di elementi del grafo.
|
||
|
||
Esistono vari modi per creare nuove proiezioni, ma all'interno di questa relazione ci si concentra su due di essi, ovvero le funzioni Cypher:
|
||
- [`gds.graph.project.cypher`] (anche detta Cypher projection), che crea una proiezione a partire da due query Cypher, suggerita per il solo utilizzo in fase di sviluppo in quanto relativamente lenta
|
||
- [`gds.graph.project`] (anche detta native projection), che crea una proiezione a partire dai label di nodi ed archi, operando direttamente sui dati grezzi del DBMS, ottenendo così un'efficienza significativamente maggiore e offrendo alcune funzionalità aggiuntive
|
||
|
||
Il Graph Catalog viene svuotato ad ogni nuovo avvio del DBMS Neo4J; si richiede pertanto di fare attenzione a non interrompere il processo del DBMS tra la creazione di una proiezione e l'esecuzione di un algoritmo su di essa.
|
||
|
||
### Modalità d'uso
|
||
|
||
La [Graph Data Science Library] è in grado di eseguire gli algoritmi in quattro diverse modalità:
|
||
|
||
- ***Stream***, che restituisce i risultati dell'algoritmo come risultato della query
|
||
- ***Stats***, che restituisce come risultato della query alcune statistiche sul risultato dell'algoritmo senza effettuare altro
|
||
- ***Mutate***, che restituisce gli stessi valori di *Stats*, ma scrive anche il risultato dell'esecuzione sul *Graph Catalog*
|
||
- ***Write***, che restituisce gli stessi valori di *Stats*, ma scrive anche il risultato dell'esecuzione direttamente sul grafo principale
|
||
|
||
In questa relazione si utilizza solamente la modalità *Write*, in quanto si vuole ispezionare successivamente i risultati ottenuti tramite ulteriori query.
|
||
|
||
## Analisi
|
||
|
||
### 1️⃣ Realizzazione della *Graph Projection* Cypher
|
||
|
||
Si utilizza un approccio bottom-up per la costruzione della graph projection delle crate e delle loro dipendenze.
|
||
|
||
#### Determinazione dei nodi partecipanti
|
||
|
||
Si usa la seguente query per determinare i codici identificativi dei nodi che partecipano all'algoritmo:
|
||
|
||
```cypher
|
||
// Trova tutti gli id dei nodi con il label :Crate
|
||
MATCH (a:Crate)
|
||
RETURN id(a) AS id
|
||
```
|
||
|
||
| id |
|
||
|---:|
|
||
| 0 |
|
||
| 1 |
|
||
| 2 |
|
||
|
||
#### Determinazione degli archi partecipanti
|
||
|
||
Si costruisce invece una query più avanzata per interconnettere all'interno della proiezione i nodi in base alle dipendenze della loro versione più recente:
|
||
|
||
```cypher
|
||
// Trova tutte le versioni delle crate
|
||
MATCH (a:Crate)-[:HAS_VERSION]->(v:Version)
|
||
// Metti in ordine le versioni utilizzando l'ordine lessicografico inverso, che corrisponde all'ordine del versionamento semantico (semver) dalla versione più recente alla più vecchia
|
||
WITH a, v ORDER BY v.name DESC
|
||
// Per ogni crate, crea una lista ordinata contenente tutti i nomi delle relative versioni, ed estraine il primo, ottenendo così il nome della versione più recente
|
||
WITH a, collect(v.name)[0] AS vn
|
||
// Utilizzando il nome trovato, determina il nodo :Version corrispondente ad essa, e le crate che la contengono
|
||
MATCH (a:Crate)-[:HAS_VERSION]->(v:Version {name: vn})-[:DEPENDS_ON]->(c:Crate)
|
||
// Restituisci gli id dei nodi sorgente e destinazione
|
||
RETURN id(a) AS source, id(c) AS target
|
||
```
|
||
|
||
| source | target |
|
||
|-------:|-------:|
|
||
| 98825 | 21067 |
|
||
| 98825 | 16957 |
|
||
| 22273 | 21318 |
|
||
|
||
#### Creazione della *Graph Projection*
|
||
|
||
Si combinano le due precedenti query in una chiamata a [`gds.graph.project.cypher`]:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.graph.project.cypher(
|
||
"deps",
|
||
"MATCH (a:Crate) RETURN id(a) AS id",
|
||
"MATCH (a:Crate)-[:HAS_VERSION]->(v:Version) WITH a, v ORDER BY v.name DESC WITH a, collect(v.name)[0] AS vn MATCH (a:Crate)-[:HAS_VERSION]->(v:Version {name: vn})-[:DEPENDS_ON]->(c:Crate) RETURN id(a) AS source, id(c) AS target"
|
||
) YIELD
|
||
graphName,
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
projectMillis
|
||
```
|
||
|
||
| graphName | nodeCount | relationshipCount | projectMillis |
|
||
|-----------|----------:|------------------:|--------------:|
|
||
| "deps" | 105287 | 537154 | 8272 |
|
||
|
||
### 1️⃣ Degree Centrality
|
||
|
||
Per ottenere una misura di importanza relativamente basilare, si decide di analizzare la *Degree Centrality* di ciascun nodo, ovvero il numero di archi entranti che esso possiede, utilizzando la funzione [`gds.degree`] in modalità *Write*, in modo da riuscire a recuperare successivamente i risultati.
|
||
|
||
Prima di eseguire l'algoritmo, [si stimano] le risorse computazionali richieste:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.degree.write.estimate(
|
||
"deps",
|
||
{
|
||
// Di default l'algoritmo conteggia gli archi uscenti di ciascun nodo; con questo parametro, il comportamento si inverte
|
||
orientation: "REVERSE",
|
||
writeProperty: "degreeCentrality"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
bytesMin,
|
||
bytesMax,
|
||
requiredMemory
|
||
```
|
||
|
||
| nodeCount | relationshipCount | bytesMin | bytesMax | requiredMemory |
|
||
|----------:|------------------:|---------:|---------:|---------------:|
|
||
| 105287 | 537154 | 56 | 56 | "56 Bytes" |
|
||
|
||
Dato che la memoria richiesta stimata per l'esecuzione dell'algoritmo è insignificante, lo si esegue immediatamente:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.degree.write(
|
||
"deps",
|
||
{
|
||
// Di default l'algoritmo conteggia gli archi uscenti di ciascun nodo; con questo parametro, il comportamento si inverte
|
||
orientation: "REVERSE",
|
||
writeProperty: "degreeCentrality"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
centralityDistribution,
|
||
preProcessingMillis,
|
||
computeMillis,
|
||
postProcessingMillis,
|
||
writeMillis,
|
||
nodePropertiesWritten,
|
||
configuration
|
||
```
|
||
|
||
| centralityDistribution | preProcessingMillis | computeMillis | postProcessingMillis | writeMillis | nodePropertiesWritten | configuration |
|
||
|------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|---------------------|---------------|----------------------|-------------|-----------------------|------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|
|
||
| {p99: 41.00023651123047, min: 0.0, max: 24612.124992370605, mean: 5.101820968701407, p90: 3.0000076293945312, p50: 0.0, p999: 609.0038986206055, p95: 6.000022888183594, p75: 1.0} | 2 | 194 | 341 | 3038 | 105287 | {jobId: "ed7a37d0-296d-4ee3-9914-6a461ea819c5", orientation: "REVERSE", writeConcurrency: 4, writeProperty: "degreeCentrality", logProgress: true, nodeLabels: \["\*"\], sudo: false, relationshipTypes: \["\*"\], concurrency: 4} |
|
||
|
||
Dal valore `centralityDistribution` restituito è già possibile osservare alcune statistiche sull'elaborazione effettuata:
|
||
- il minimo (`min`) di dipendenti per crate è di `0`
|
||
- la media (`mean`) di dipendenti per crate è di `5`
|
||
- la mediana (cinquantesima percentile, `p50`) di dipendenti per crate è `0`
|
||
- il terzo quartile (settantacinquesima percentile, `p75`) di dipendenti per crate è `1`
|
||
- la novantesima percentile (`p90`) di dipendenti per crate è di `3`
|
||
- la novantacinquesima percentile (`p95`) di dipendenti per crate è di `6`
|
||
- la novantanovesima percentile (`p99`) di dipendenti per crate è di `41`
|
||
- la 99.9ima percentile (`p999`) di dipendenti per crate è di `609`
|
||
- il massimo (`max`) di dipendenti per crate è di `24612`
|
||
|
||
Per verificare che l'algoritmo abbia funzionato correttamente, si recuperano le venticinque crate con valori più alti di `degreeCentrality`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
RETURN c.name, c.description, c.degreeCentrality
|
||
ORDER BY c.degreeCentrality DESC
|
||
LIMIT 25
|
||
```
|
||
|
||
| c.name | c.description | c.degreeCentrality |
|
||
|----------------|-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|-------------------:|
|
||
| [serde](https://crates.io/crates/serde) | "A generic serialization/deserialization framework" | 24612.0 |
|
||
| [serde_json](https://crates.io/crates/serde_json) | "A JSON serialization file format" | 16365.0 |
|
||
| [log](https://crates.io/crates/log) | "A lightweight logging facade for Rust" | 12134.0 |
|
||
| [tokio](https://crates.io/crates/tokio) | "An event-driven, non-blocking I/O platform for writing asynchronous I/Obacked applications." | 11298.0 |
|
||
| [clap](https://crates.io/crates/clap) | "A simple to use, efficient, and full-featured Command Line Argument Parser" | 10066.0 |
|
||
| [rand](https://crates.io/crates/rand) | "Random number generators and other randomness functionality." | 9993.0 |
|
||
| [thiserror](https://crates.io/crates/thiserror) | "derive(Error)" | 8615.0 |
|
||
| [anyhow](https://crates.io/crates/anyhow) | "Flexible concrete Error type built on std::error::Error" | 8130.0 |
|
||
| [futures](https://crates.io/crates/futures) | "An implementation of futures and streams featuring zero allocations,composability, and iterator-like interfaces." | 7398.0 |
|
||
| [lazy_static](https://crates.io/crates/lazy_static) | "A macro for declaring lazily evaluated statics in Rust." | 7118.0 |
|
||
| [chrono](https://crates.io/crates/chrono) | "Date and time library for Rust" | 6708.0 |
|
||
| [regex](https://crates.io/crates/regex) | "An implementation of regular expressions for Rust. This implementation usesfinite automata and guarantees linear time matching on all inputs." | 6320.0 |
|
||
| [syn](https://crates.io/crates/syn) | "Parser for Rust source code" | 5495.0 |
|
||
| [quote](https://crates.io/crates/quote) | "Quasi-quoting macro quote!(...)" | 5466.0 |
|
||
| [serde_derive](https://crates.io/crates/serde_derive) | "Macros 1.1 implementation of #[derive(Serialize, Deserialize)]" | 5364.0 |
|
||
| [libc](https://crates.io/crates/libc) | "Raw FFI bindings to platform libraries like libc." | 5287.0 |
|
||
| [reqwest](https://crates.io/crates/reqwest) | "higher level HTTP client library" | 5261.0 |
|
||
| [env_logger](https://crates.io/crates/env_logger) | "A logging implementation for `log` which is configured via an environmentvariable." | 4912.0 |
|
||
| [proc-macro2](https://crates.io/crates/proc-macro2) | "A substitute implementation of the compiler's `proc_macro` API to decouple token-based libraries from the procedural macro use case." | 4471.0 |
|
||
| [bytes](https://crates.io/crates/bytes) | "Types and traits for working with bytes" | 4011.0 |
|
||
| [url](https://crates.io/crates/url) | "URL library for Rust, based on the WHATWG URL Standard" | 3748.0 |
|
||
| [itertools](https://crates.io/crates/itertools) | "Extra iterator adaptors, iterator methods, free functions, and macros." | 3652.0 |
|
||
| [async-trait](https://crates.io/crates/async-trait) | "Type erasure for async trait methods" | 3514.0 |
|
||
| [criterion](https://crates.io/crates/criterion) | "Statistics-driven micro-benchmarking library" | 3303.0 |
|
||
| [structopt](https://crates.io/crates/structopt) | "Parse command line argument by defining a struct." | 3045.0 |
|
||
|
||
Per preparare il database ad effettuare un confronto tra i vari metodi di ordinamento, si imposta su ogni nodo `:Crate` la proprietà `degreeCentralityPosition`, contenente la posizione nella "classifica" di crate ordinate per *Degree Centrality*:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
WITH c
|
||
ORDER BY c.degreeCentrality DESC
|
||
// Raccogli le crate in un singolo valore lista
|
||
WITH collect(c) AS crates
|
||
// Crea tanti valori numerici per ogni crate all'interno della lista
|
||
UNWIND range(0, size(crates) - 1) AS position
|
||
// Per ciascun valore numerico, imposta la proprietà della crate in quella posizione della lista al valore attuale
|
||
SET (crates[position]).degreeCentralityPosition = position
|
||
```
|
||
|
||
|
||
### 1️⃣ PageRank
|
||
|
||
Per ottenere una misura di importanza più elaborata, si è scelto di utilizzare *PageRank*, algoritmo iterativo che dà maggiore rilevanza alle crate con pochi dipendenze e molti dipendenti, utilizzando la funzione [`gds.pageRank`].
|
||
|
||
Ancora, prima di eseguire l'algoritmo [si stimano] le risorse richieste:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.pageRank.write.estimate(
|
||
"deps",
|
||
{
|
||
writeProperty: "pageRank"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
bytesMin,
|
||
bytesMax,
|
||
requiredMemory
|
||
```
|
||
|
||
| nodeCount | relationshipCount | bytesMin | bytesMax | requiredMemory |
|
||
|----------:|------------------:|---------:|---------:|---------------:|
|
||
| 105287 | 537154 | 2540880 | 2540880 | "2481 KiB" |
|
||
|
||
Si osserva come la quantità di memoria richiesta sia significativamente maggiore di quella richiesta dall'algoritmo di *Degree Centrality*, ma sempre una quantità accettabile con le risorse a disposizione dei computer moderni; dunque, si procede con l'esecuzione dell'algoritmo:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.pageRank.write(
|
||
"deps",
|
||
{
|
||
writeProperty: "pageRank"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodePropertiesWritten,
|
||
ranIterations,
|
||
didConverge,
|
||
preProcessingMillis,
|
||
computeMillis,
|
||
postProcessingMillis,
|
||
writeMillis,
|
||
centralityDistribution,
|
||
configuration
|
||
```
|
||
|
||
| nodePropertiesWritten | ranIterations | didConverge | preProcessingMillis | computeMillis | postProcessingMillis | writeMillis | centralityDistribution | configuration | | | | | | | | | |
|
||
|-----------------------|---------------|-------------|---------------------|---------------|----------------------|-------------|-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|---------------------------------------------------------------------------------------------------------|-----------------|-----------------------------|------------------|-------------------|---------------------|-------------|---------------------|----------------------------|-------------------|
|
||
| 105287 | 20 | false | 0 | 388 | 205 | 1028 | {p99: 1.7772817611694336, min: 0.14999961853027344, max: 2633.8749990463257, mean: 0.5682340436878162, p90: 0.2225809097290039, p50: 0.14999961853027344, p999: 56.281737327575684, p95: 0.31362438201904297, p75: 0.16451454162597656} | {maxIterations: 20, writeConcurrency: 4, concurrency: 4, jobId: "1ada9849-5163-42a1-99d3-11b974e1f6d1"" | sourceNodes: [] | writeProperty: ""pageRank"" | scaler: ""NONE"" | logProgress: true | nodeLabels: \[""\*""\] | sudo: false | dampingFactor: 0.85 | relationshipTypes: \[""\*""\] | tolerance: 1e-7}" |
|
||
|
||
Si osservano nel parametro `centralityDistribution` le stesse percentili già restituite dalla precedente query:
|
||
- il punteggio PageRank minimo è `0.14`
|
||
- il punteggio PageRank medio è `0.57`
|
||
- il punteggio PageRank massimo è `2633.87`
|
||
- la mediana è `0.14`
|
||
- etc.
|
||
|
||
Per verificare che l'algoritmo abbia funzionato correttamente, si recuperano le venticinque crate con valori più alti di `pageRank`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
RETURN c.name, c.description, c.pageRank
|
||
ORDER BY c.pageRank DESC
|
||
LIMIT 25
|
||
```
|
||
| c.name | c.description | c.pageRank |
|
||
|----------------------------|--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|--------------------|
|
||
| [serde_derive](https://crates.io/crates/serde_derive) | | "Macros 1.1 implementation of #[derive(Serialize, Deserialize)]" | 2633.874125046061 |
|
||
| [serde](https://crates.io/crates/serde) | | "A generic serialization/deserialization framework" | 2600.440123009117 |
|
||
| [quote](https://crates.io/crates/quote) | | "Quasi-quoting macro quote!(...)" | 1753.3856963760738 |
|
||
| [proc-macro2](https://crates.io/crates/proc-macro2) | | "A substitute implementation of the compiler's `proc_macro` API to decouple token-based libraries from the procedural macro use case." | 1547.7022936971498 |
|
||
| [trybuild](https://crates.io/crates/trybuild) | | "Test harness for ui tests of compiler diagnostics" | 1452.1162055975724 |
|
||
| [rand](https://crates.io/crates/rand) | | "Random number generators and other randomness functionality." | 1108.4777776060996 |
|
||
| [syn](https://crates.io/crates/syn) | | "Parser for Rust source code" | 1047.3719317086059 |
|
||
| [rustc-std-workspace-core](https://crates.io/crates/rustc-std-workspace-core) | | "Explicitly empty crate for rust-lang/rust integration" | 997.5769831539204 |
|
||
| [serde_json](https://crates.io/crates/serde_json) | | "A JSON serialization file format" | 885.3755595284099 |
|
||
| [criterion](https://crates.io/crates/criterion) | | "Statistics-driven micro-benchmarking library" | 845.3984645777579 |
|
||
| [libc](https://crates.io/crates/libc) | | "Raw FFI bindings to platform libraries like libc." | 808.9144700265439 |
|
||
| [rustversion](https://crates.io/crates/rustversion) | | "Conditional compilation according to rustc compiler version" | 785.8724508729044 |
|
||
| [lazy_static](https://crates.io/crates/lazy_static) | | "A macro for declaring lazily evaluated statics in Rust." | 708.9297457284239 |
|
||
| [unicode-xid](https://crates.io/crates/unicode-xid) | | "Determine whether characters have the XID_Startor XID_Continue properties according toUnicode Standard Annex #31." | 674.7055991635623 |
|
||
| [log](https://crates.io/crates/log) | | "A lightweight logging facade for Rust" | 606.2087374708564 |
|
||
| [doc-comment](https://crates.io/crates/doc-comment) | | "Macro to generate doc comments" | 584.0581095948327 |
|
||
| [winapi](https://crates.io/crates/winapi) | | "Raw FFI bindings for all of Windows API." | 583.2378424756424 |
|
||
| [regex](https://crates.io/crates/regex) | | "An implementation of regular expressions for Rust. This implementation usesfinite automata and guarantees linear time matching on all inputs." | 371.30425142334036 |
|
||
| [quickcheck](https://crates.io/crates/quickcheck) | | "Automatic property based testing with shrinking." | 363.2685687604089 |
|
||
| [termcolor](https://crates.io/crates/termcolor) | | "A simple cross platform library for writing colored text to a terminal." | 325.9086283505512 |
|
||
| [spin](https://crates.io/crates/spin) | | "Spin-based synchronization primitives" | 318.4314085948815 |
|
||
| [cfg-if](https://crates.io/crates/cfg-if) | | "A macro to ergonomically define an item depending on a large number of #[cfg]parameters. Structured like an if-else chain, the first matching branch is theitem that gets emitted." | 316.12379240263994 |
|
||
| [winapi-util](https://crates.io/crates/winapi-util) | | "A dumping ground for high level safe wrappers over winapi." | 315.8947682994466 |
|
||
| [clap](https://crates.io/crates/clap) | | "A simple to use, efficient, and full-featured Command Line Argument Parser" | 288.0085754382288 |
|
||
| [tokio](https://crates.io/crates/tokio) | | "An event-driven, non-blocking I/O platform for writing asynchronous I/Obacked applications." | 282.1129077269715 |
|
||
|
||
Sempre per preparare il database a un confronto (effettuato nelle conclusioni), si imposta su ogni nodo `:Crate` la proprietà `pageRankPosition`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
WITH c
|
||
ORDER BY c.pageRank DESC
|
||
WITH collect(c) AS crates
|
||
UNWIND range(0, size(crates) - 1) AS position
|
||
SET (crates[position]).pageRankPosition = position
|
||
```
|
||
|
||
### 2️⃣ Realizzazione della *Graph Projection* nativa
|
||
|
||
[Non essendo possibile creare grafi non diretti] con la funzione [`gds.graph.project.cypher`], si ricorre alla più efficiente ma complessa [`gds.graph.project`], che invece supporta la funzionalità specificando `orientation: "UNDIRECTED"`.
|
||
|
||
#### Creazione di collegamenti aggiuntivi nel grafo
|
||
|
||
[`gds.graph.project`] necessita che gli archi da proiettare siano già presenti all'interno del grafo principale; pertanto, si crea una nuova relazione `:IS_RELATED_TO` tra i nodi `:Keyword` presenti all'interno di ogni stessa crate:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (a:Keyword)<-[:IS_TAGGED_WITH]-(c:Crate)-[:IS_TAGGED_WITH]->(b:Keyword)
|
||
CREATE (a)-[:IS_RELATED_TO]->(b)
|
||
```
|
||
|
||
#### Creazione della *Graph Projection*
|
||
|
||
Si effettua poi la chiamata a [`gds.graph.project`]:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.graph.project(
|
||
// Crea una proiezione chiamata "kwds"
|
||
"kwds",
|
||
// Contenente i nodi con il label :Keyword
|
||
"Keyword",
|
||
// E gli archi con il label :IS_RELATED_TO, considerandoli come non-diretti
|
||
{IS_RELATED_TO: {orientation: "UNDIRECTED"}}
|
||
) YIELD
|
||
graphName,
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
projectMillis
|
||
```
|
||
|
||
| graphName | nodeCount | relationshipCount | projectMillis |
|
||
|-----------|----------:|------------------:|--------------:|
|
||
| "kwds" | 24042 | 1075328 | 197 |
|
||
|
||
### 2️⃣ Label Propagation
|
||
|
||
Per la classificazione delle keyword, si sceglie di usare inizialmente l'algoritmo di *Label Propagation* attraverso la funzione [`gds.labelPropagation`], in grado di identificare i singoli gruppi di nodi connessi densamente.
|
||
|
||
#### Funzionamento dell'algoritmo
|
||
|
||
L'algoritmo iterativo di *Label Propagation*:
|
||
|
||
1. inizializza tutti i nodi con un *label* univoco
|
||
2. per ogni iterazione:
|
||
1. ogni nodo cambia il proprio *label* a quello posseduto dalla maggioranza dei propri vicini
|
||
2. in caso di pareggio tra due o più *label*, ne viene selezionato deterministicamente uno arbitrario
|
||
3. se nessun nodo ha cambiato *label* in questa iterazione, termina l'algoritmo
|
||
4. se è stato raggiunto il numero massimo consentito di iterazioni, termina l'algoritmo
|
||
|
||
#### Esecuzione della query
|
||
|
||
Come effettuato per ogni analisi, [si stimano] le risorse necessarie all'esecuzione dell'algoritmo:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.labelPropagation.write.estimate(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
maxIterations: 1000,
|
||
writeProperty: "communityLabelPropagation"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
bytesMin,
|
||
bytesMax,
|
||
requiredMemory
|
||
```
|
||
|
||
| nodeCount | relationshipCount | bytesMin | bytesMax | requiredMemory |
|
||
|-----------|-------------------|----------|----------|----------------|
|
||
| 24042 | 1075328 | 194392 | 2291032 | "[189 KiB ... 2237 KiB]" |
|
||
|
||
Si osserva che la quantità di memoria richiesta per l'esecuzione di questo algoritmo è variabile, ma comunque ben contenuta all'interno delle capacità di elaborazione di qualsiasi computer moderno.
|
||
|
||
Si procede con l'esecuzione, questa volta in modalità *Write*, in modo da poter effettuare in seguito query sul grafo per poter filtrare le keyword in base al label a loro assegnato, salvato nella proprietà `communityLabelPropagation`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.labelPropagation.write(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
maxIterations: 1000,
|
||
writeProperty: "communityLabelPropagation"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
preProcessingMillis,
|
||
computeMillis,
|
||
writeMillis,
|
||
postProcessingMillis,
|
||
nodePropertiesWritten,
|
||
communityCount,
|
||
ranIterations,
|
||
didConverge,
|
||
communityDistribution
|
||
```
|
||
|
||
| preProcessingMillis | computeMillis | writeMillis | postProcessingMillis | nodePropertiesWritten | communityCount | ranIterations | didConverge | communityDistribution |
|
||
|---------------------|---------------|-------------|----------------------|-----------------------|----------------|---------------|-------------|----------------------------------------------------------------------------------------------------|
|
||
| 1 | 760 | 437 | 48 | 24042 | 2335 | 15 | true | {p99: 15, min: 1, max: 17596, mean: 10.296359743040686, p90: 5, p50: 2, p999: 204, p95: 6, p75: 3} |
|
||
|
||
Si osserva che l'algoritmo è riuscito a convergere a una soluzione.
|
||
|
||
#### Campionamento delle community
|
||
|
||
Si individuano gli identificatori dei label rimasti al termine dell'algoritmo:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword)
|
||
RETURN collect(DISTINCT k.communityLabelPropagation)
|
||
```
|
||
|
||
```
|
||
[129222, 107005, 129156, 105304, 105306, 105308, 105324, 114977, 105426, 128851, 105318, 105320, 105322, 105323, 105327, 120684, 105332, 105334, 126341, 105368, 129138, 118398, 109137, 105355, 105356, 124270, 105604, 105365, 114271, 105373, 126354, 113751, 105424, 109885, 105448, 111400, 105451, 105457, 105749, 105576, 105470, 105472, 105511, 105485, 106226, 105501, 105504, 114487, 105509, 105513, 109628, 105527, 105525, 105534, 110378, 105537, 105541, 116341, 118387, 128674, 105552, 105553, 105559, 105572, 112844, 122130, 105600, 111384, 105607, 105609, 109518, 105675, 108964, 116475, 105883, 114270, 113524, 112223, 105652, 120156, 105940, 105659, 119274, 105664, 105783, 105671, 105677, 105679, 113515, 105686, 119232, 105699, 112831, 105835, 105867, 105745, 105754, 117345, 105763, 105853, 105768, 105770, 105773, 105777, 105792, 105798, 118282, 118449, 105802, 105805, 113140, 117045, 115822, 105820, 128736, 122383, 105830, 105839, 126956, 114811, 105846, 105857, 118830, 105989, 119738, 120607, 106049, 105885, 105892, 105983, 105996, 108047, 105910, 111844, 105913, 105916, 105919, 105921, 113265, 110097, 105944, 105953, 105956, 105960, 105962, 111858, 106574, 105971, 105976, 106164, 106005, 106009, 106011, 108487, 106018, 106162, 106038, 106028, 106132, 106032, 106151, 106143, 106044, 106056, 106191, 121385, 112153, 115790, 106079, 114003, 106101, 111372, 108095, 111111, 106223, 106535, 106701, 106121, 106129, 106130, 106145, 106155, 106208, 114594, 112437, 107874, 116998, 106195, 107502, 106201, 106212, 106213, 106216, 106218, 129061, 111023, 106232, 106235, 109977, 106246, 108654, 106262, 106267, 106276, 106271, 119497, 106288, 106583, 113328, 119823, 106314, 106315, 106596, 106326, 106482, 112396, 116625, 116405, 106341, 117254, 106346, 115131, 106350, 106635, 113349, 108271, 108001, 106377, 106382, 106385, 106388, 116190, 106667, 106393, 106552, 113087, 127965, 106553, 106424, 106442, 106431, 106432, 108202, 106466, 106460, 114620, 106470, 106633, 111166, 123807, 106497, 113604, 110939, 115840, 118735, 106510, 113627, 106516, 106527, 106520, 120189, 107189, 109061, 113230, 106564, 106825, 106578, 111423, 106595, 106599, 106608, 106673, 116760, 106617, 106625, 114580, 106639, 106927, 106648, 106649, 124291, 106665, 106672, 126561, 106687, 106814, 106688, 125017, 106843, 106708, 118834, 106746, 106720, 111170, 106727, 106767, 106739, 112901, 106742, 108121, 119305, 128824, 121482, 106777, 121663, 106792, 107534, 106806, 112496, 106976, 106993, 106824, 106830, 106944, 123867, 108072, 106872, 106838, 106851, 107223, 128486, 106859, 106862, 106863, 107057, 106884, 106890, 106894, 106895, 122399, 119794, 106915, 106917, 106931, 106932, 106936, 106942, 106945, 107092, 106967, 106968, 106987, 106974, 106992, 107598, 108539, 107008, 107131, 107013, 110952, 107021, 107022, 107027, 107031, 107033, 107156, 107853, 108953, 107068, 107073, 107074, 107075, 107081, 109528, 120025, 107111, 108583, 110250, 107115, 109543, 107163, 107188, 118416, 107329, 107966, 107204, 112071, 108126, 120289, 107976, 107230, 107246, 107235, 109164, 108368, 107291, 107281, 114867, 127281, 107671, 120350, 109436, 107351, 113414, 107304, 107306, 107308, 107314, 122721, 107320, 109364, 114767, 113506, 107364, 107379, 117294, 107389, 107392, 124187, 107402, 107406, 112493, 107408, 107417, 113076, 107434, 107440, 107581, 107448, 116485, 115100, 107460, 107637, 107498, 118926, 107643, 107512, 107515, 107742, 107633, 107620, 107549, 107552, 107647, 107557, 128348, 108981, 107572, 107594, 107596, 109372, 107609, 107619, 107765, 107626, 123070, 107631, 110484, 107641, 107644, 107654, 107691, 107658, 107923, 119806, 107900, 107679, 111500, 110088, 107690, 113194, 126067, 107701, 107710, 107711, 110015, 107726, 109718, 108220, 108937, 109328, 116791, 107758, 124785, 107764, 107767, 108176, 116538, 118184, 107836, 107806, 107810, 107930, 108868, 108002, 108469, 107850, 112020, 107885, 107894, 121088, 107910, 107947, 116481, 107944, 124095, 107962, 107960, 109152, 119162, ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si campiona un label per verificarne i contenuti:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLabelPropagation: 129222 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["urbandictionary", "json2pdf", "flickrapi", "robotstxt", "bookmarking", "gameboy-advance", ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva che in questa query sono contenute molte keyword relative a Internet e servizi disponibili su esso, che potrebbero individuare quindi una categoria "Internet".
|
||
|
||
Si campiona un altro label:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLabelPropagation: 107005 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["temporary-files", "caches", "backups", "time-machine"]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva come questo label sia stato assegnato a un singolo nodo, e che quindi non fornisce informazioni particolarmente significative.
|
||
|
||
Si campiona un terzo e ultimo label:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLabelPropagation: 129156 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["max32660", "cortex-a", "jtag", "bitbang", "msp432", "capacitive", "stm32l5xx", "stm32f072", ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva una community molto ben definita di label relativi all'elettronica e alla programmazione embedded, che potrebbero individuare una categoria "Electronics and embedded programming".
|
||
|
||
### 2️⃣ Louvain
|
||
|
||
Si effettua un approccio diverso alla community detection, ovvero quello di usare l'*algoritmo Louvain* ([`gds.louvain`]) per identificare i raggruppamenti che massimizzano la modularity del grafo.
|
||
|
||
Si inizia stimando le risorse necessarie all'esecuzione dell'algoritmo:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.louvain.write.estimate(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
writeProperty: "communityLouvain"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
bytesMin,
|
||
bytesMax,
|
||
requiredMemory
|
||
```
|
||
|
||
| nodeCount | relationshipCount | bytesMin | bytesMax | requiredMemory |
|
||
|----------:|------------------:|---------:|---------:|---------------:|
|
||
| 24042 | 1075328 | 1546985 | 26744496 | "[1510 KiB ... 25 MiB]" |
|
||
|
||
La quantità di memoria massima utilizzabile continua a essere all'interno le risorse disponibili a qualsiasi calcolatore moderno, pertanto si procede all'esecuzione in modalità *Write*:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.louvain.write(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
writeProperty: "communityLouvain"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
preProcessingMillis,
|
||
computeMillis,
|
||
writeMillis,
|
||
postProcessingMillis,
|
||
nodePropertiesWritten,
|
||
communityCount,
|
||
ranLevels,
|
||
modularity,
|
||
modularities,
|
||
communityDistribution
|
||
```
|
||
|
||
| preProcessingMillis | computeMillis | writeMillis | postProcessingMillis | nodePropertiesWritten | communityCount | ranLevels | modularity | modularities | communityDistribution |
|
||
|---------------------|---------------|-------------|----------------------|-----------------------|----------------|-----------|--------------------|-------------------------------------------------------------|----------------------------------------------------------------------------------------------------|
|
||
| 0 | 6234 | 271 | 26 | 24042 | 1322 | 3 | 0.5470496088005096 | [0.434767324919813, 0.5403286363404538, 0.5470496088005096] | {p99: 688, min: 1, max: 2280, mean: 18.18608169440242, p90: 3, p50: 1, p999: 1994, p95: 4, p75: 1} |
|
||
|
||
Si osserva come l'*algoritmo Louvain* abbia individuato poco più della metà delle community individuate dalla *Label Propagation*.
|
||
|
||
#### Campionamento delle community
|
||
|
||
Si effettuano alcuni campionamenti per verificare il contenuto delle community identificate.
|
||
|
||
Si identificano le community formate:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword)
|
||
RETURN collect(DISTINCT k.communityLouvain)
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
[2314, 9029, 23958, 23353, 22855, 17002, 23935, 24019, 23869, 23923, 17, 19, 21, 23853, 7113, 23830, 17993, 23061, 31, 33, 35, 36, 1825, 40, 13102, 45, 47, 23601, 23851, 13111, 68, 69, 78, 137, 161, 164, 170, 12058, 183, 185, 198, 939, 214, 217, 222, 226, 240, 238, 247, 250, 266, 272, 285, 22190, 320, 388, 596, 23966, 365, 372, 377, 9782, 384, 390, 399, 412, 458, 476, 481, 483, 486, 490, 505, 514, 515, 518, 7853, 533, 17096, 552, 559, 23922, 598, 623, 626, 632, 634, 657, 666, 669, 675, 6571, 684, 689, 724, 731, 875, 741, 745, 757, 769, 792, 814, 834, 842, 843, 7150, 908, 914, 925, 926, 929, 931, 945, 948, 959, 3367, 975, 980, 984, 1001, 1027, 1028, 1039, 1054, 1059, 1348, 8062, 1090, 1098, 1101, 1106, 1265, 1266, 1155, 1144, 1145, 1173, 1183, 1210, 12165, 1223, 1229, 1233, 14902, 1277, 1291, 1308, 1312, 1321, 1330, 1338, 1352, 1361, 19004, 1378, 1400, 1401, 1421, 1433, 5883, 1440, 1471, 1505, 1519, 1706, 1537, 1543, 1585, 1551, 1572, 1575, 1576, 1597, 1603, 1607, 1608, 17112, 1628, 1630, 1644, 1645, 1649, 1658, 1680, 1681, 1687, 1705, 3252, 1721, 1726, 5665, 1734, 1735, 1740, 1744, 1746, 1781, 1786, 1787, 1788, 1794, 4963, 1828, 1901, 1917, 6784, 1948, 1994, 2384, 2017, 2019, 2021, 2027, 2033, 4077, 2077, 12007, 2102, 2105, 2115, 2119, 2121, 2130, 7789, 2147, 2153, 2161, 2173, 2350, 2225, 2228, 2262, 2265, 2360, 2270, 3694, 2285, 2307, 2309, 2322, 2339, 17783, 2344, 5197, 2357, 2367, 2636, 2392, 2403, 2409, 2414, 2423, 2439, 11504, 2477, 2480, 2519, 2523, 2643, 2563, 2598, 2607, 2623, 2660, 2657, 2673, 2736, 2743, 2768, 2904, 2793, 3899, 2801, 2824, 10288, 2873, 2916, 2935, 2939, 2941, 2951, 2952, 2977, 3059, 3014, 3015, 3019, 3023, 3024, 3029, 3066, 3064, 3070, 3106, 3107, 3109, 3133, 3284, 3158, 3171, 3176, 3186, 3195, 3201, 3203, 3227, 3265, 3272, 19583, 3307, 3308, 3341, 3347, 3364, 3365, 3374, 3396, 3410, 19941, 3418, 3431, 3444, 7510, 3573, 3450, 3480, 3489, 3537, 3538, 3542, 3558, 3560, 3563, 3590, 3607, 3628, 3639, 3664, 3687, 3690, 3702, 3710, 3731, 3736, 3766, 3770, 3790, 3802, 22181, 3846, 3851, 3855, 3868, 3879, 4186, 3906, 3922, 4187, 4836, 6585, 3940, 4020, 6534, 3964, 3979, 3989, 4006, 4017, 4033, 4055, 4125, 4133, 4159, 4171, 4164, 6587, 12973, 4184, 4195, 4216, 4220, 4230, 5098, 4239, 4257, 4259, 4265, 4269, 4272, 4276, 4288, 4291, 4297, 4304, 4326, 4322, 4324, 13037, 4335, 4344, 4340, 4349, 4364, 4368, 4374, 4377, 4379, 4399, 4405, 4422, 4424, 4433, 4450, 4452, 4463, 4464, 4466, 4480, 23964, 4971, 4499, 4500, 4502, 4519, 4531, 4569, 4579, 10688, 4602, 4622, 4627, 7531, 5047, 4653, 4685, 4699, 4701, 4710, 4748, 4747, 4774, 4795, 5304, 4946, 4849, 4873, 4869, 4889, 4904, 4915, 4917, 4920, 4930, 4940, 4952, 6376, 4976, 4977, 4982, 5021, 5028, 5040, 5068, 5092, 5101, 5112, 5113, 5117, 10746, 5137, 5160, 5200, 5181, 5195, 5196, 5300, 5269, 5278, 5282, 5288, 5290, 5294, 5561, 5338, 5339, 5368, 5656, 5483, 5428, 5448, 5468, 5482, 5496, 5517, 5520, 6798, 6596, 17476, 5564, ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si campiona la prima community restituita dalla query precedente:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLouvain: 2314 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["gameboy-advance", "intel-8080", "sm83", "textureatlas", "rocketleaguestats", "minesweeper", "rpg-maker", "ducktyping", ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva che questo campione contiene numerose keyword relative a videogiochi, e in particolare a architetture di calcolo, strutture dati, e algoritmi di grafica 2D e 3D utilizzati in essi: si identificano pertanto tre categorie, "Videogames :: Emulation", "Videogames :: Data structures" e "Videogames :: Graphics".
|
||
|
||
Si campiona la seconda community restituita:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLouvain: 9029 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["unittest", "snapshot-testing", "wycheproof", "stress", "nouns", "parameterisation", ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva che questo campione è quasi interamente relativo allo sviluppo ed esecuzione di test su codice Rust: si identifica pertanto una categoria "Testing".
|
||
|
||
### 2️⃣ Leiden
|
||
|
||
Si prova a ridurre il rumore presente nelle community individuate dall'*algoritmo Louvain* attraverso l'utilizzo dell'*algoritmo Leiden* ([`gds.beta.leiden`]), che periodicamente separa le community individuate in community più piccole ma meglio connesse.
|
||
|
||
Si stimano ancora una volta le risorse necessarie:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.beta.leiden.write.estimate(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
writeProperty: "communityLeiden"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
nodeCount,
|
||
relationshipCount,
|
||
bytesMin,
|
||
bytesMax,
|
||
requiredMemory
|
||
```
|
||
|
||
| nodeCount | relationshipCount | bytesMin | bytesMax | requiredMemory |
|
||
|----------:|------------------:|---------:|---------:|---------------:|
|
||
| 24042 | 1075328 | 6913840 | 29249392 | "[6751 KiB ... 27 MiB]" |
|
||
|
||
Benchè rientrino nettamente nella capacità di memoria di un computer moderno, si osserva come l'*algoritmo Leiden* richieda un po' più di memoria rispetto all'*algoritmo Louvain*.
|
||
|
||
Si procede all'esecuzione, ancora una volta in modalità *Write*:
|
||
|
||
```cypher
|
||
CALL gds.beta.leiden.write(
|
||
"kwds",
|
||
{
|
||
writeProperty: "communityLeiden"
|
||
}
|
||
) YIELD
|
||
preProcessingMillis,
|
||
computeMillis,
|
||
writeMillis,
|
||
postProcessingMillis,
|
||
nodePropertiesWritten,
|
||
communityCount,
|
||
ranLevels,
|
||
modularity,
|
||
modularities,
|
||
communityDistribution
|
||
```
|
||
|
||
| preProcessingMillis | computeMillis | writeMillis | postProcessingMillis | nodePropertiesWritten | communityCount | ranLevels | modularity | modularities | communityDistribution |
|
||
|---------------------|---------------|-------------|----------------------|-----------------------|----------------|-----------|--------------------|-------------------------------------------------------------------------------------------------------|-----------------------------------------------------------------------------------------------------|
|
||
| 0 | 419 | 158 | 11 | 24042 | 1317 | 5 | 0.5473613732553853 | [0.44177738280624534, 0.48671179504746837, 0.5396602348474452, 0.546111627553381, 0.5473613732553853] | {p99: 695, min: 1, max: 2271, mean: 18.255125284738043, p90: 3, p50: 1, p999: 1925, p95: 4, p75: 1} |
|
||
|
||
Si osserva come il numero di community individuate dall'*algoritmo Leiden* siano molto simili al numero di community individuate dall'*algoritmo Louvain*.
|
||
|
||
#### Campionamento delle community
|
||
|
||
Come nei due casi precedenti, si effettua il campionamento delle community individuate, questa volta attraverso il parametro `communityLeiden`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword)
|
||
RETURN collect(DISTINCT k.communityLeiden)
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
[270, 355, 613, 293, 139, 91, 98, 800, 120, 308, 53, 54, 55, 913, 93, 121, 115, 56, 57, 58, 59, 137, 60, 61, 87, 62, 173, 97, 1126, 63, 64, 65, 403, 318, 66, 67, 68, 69, 262, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 891, 78, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 1077, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 880, 247, 248, 636, 249, 805, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 683, 469, 684, 685, 686, 687, 688, 689, 690, 691, 692, 693, 694, 695, 696, 697, 461, 698, 699, 700, 701, 702, 703, 704, 705, 706, 707, 708, 709, 710, 711, 712, 713, 714, 715, 716, 717, 652, 718, 719, 720, 721, 722, 723, 724, 725, 726, 727, 728, 729, 730, 731, 732, 197, 733, 734, 735, 736, 737, 738, 739, 740, 741, 400, 742, 1079, 743, 744, 979, 567, 980, 146, 1282, 1283, 1284, 1285, 1286, 1287, 1288, 1289, 1290, 1291, 1292, 1293, 1294, 1295, 806, 1296, 1297, 1298, 1299, 1300, 1301, 1302, 1303, 1304, 1305, 1306, 1307, 1308, 459, 1309, 1310, 1311, 1312, 1313, 1314, 1315, 1316, 1317, 1318, 1184, 1319, 449, 450, 484, 745, 746, 747, 748, 749, 750, 751, 752, 753, 754, 378, 755, 756, 757, 758, 759, 760, 632, 1014, 0, 1, 2, 1091, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 345, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 215, 22, 23, 24, 781, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 1333, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 850, 851, 852, 853, 854, 855, 856, 857, 858, 859, 860, 861, 862, 863, 864, 865, 866, 867, 868, 1092, 869, 870, 871, 872, 873, 874, 875, 876, 1211, 424, 1212, 1213, 1214, 570, 1215, 1216, 1217, 1218, 1219, 1220, 1221, 1222, 1223, 1224, 1225, 1226, 1227, 444, 1228, 1229, 1230, 1231, 1232, 1233, 1234, 1235, 1236, 1237, 1238, 511, 1239, 1240, 1241, 1242, 1243, 1244, 1245, 1246, 1247, 1023, 618, 1248, 1249, 467, 1250, 1251, 929, 930, 931, 932, 933, 934, 935, 936, 937, 938, 470, 797, 939, 940, 941, 942, 943, 1042, 944, 945, 946, 947, 948, 949, 950, 951, 952, 953, 954, 955, 956, 957, 1120, 958, 959, 960, 961, 962, 963, 964, 965, 966, 967, 968, 969, 376, 970, 766, 971, 972, 973, 974, 975, 1034, 976, 977, 978, 213, 1165, 1166, 1167, 580, 1168, 1169, 1170, 286, 1171, 1172, 1173, 1015, 1016, 1017, 1018, 1019, 1020, 1021, 987, 1022, 189, 1024, 1025, 1026, 1027, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 451, 820, 1035, 1036, 1037, 1038, 1039, 1040, 1041, 1043, 1044, 1045, 1046, 1047, 1048, 988, 1049, 1050, 1051, 986, 981, 899, 982, 983, 984, 985, 989, 990, 991, 992, 993, 994, 995, 996, 997, 998, 999, 1000, 1001, 314, 471, 1204, 1002, 166, 1003, 1004, 1005, 1006, ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si campiona la prima community restituita:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLeiden: 270 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["curve", "rad", "vertex-attribute", "quakeworld", "pizza", "ffxv", "voronoi_diagram" ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva che questa community è molto simile in termini di contenuti alla prima community individuata dall'*algoritmo Louvain*; essendo così tanto simili, non si è in grado di determinare qualitativamente se il rumore è inferiore o superiore.
|
||
|
||
Si campiona quindi la seconda community:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (k:Keyword { communityLeiden: 355 })
|
||
RETURN k.name
|
||
```
|
||
|
||
```text
|
||
["temporary-files", "recycle", "libfuse", "swarm", "createprocessexw", "time-tracker", "yaahc", ...]
|
||
```
|
||
|
||
Si osserva che questo campione contiene varie keyword relative a filesystem e chiamate di sistema; si individua pertanto la categoria "Foreign function interface :: Operating system calls".
|
||
|
||
Non si notano variazioni qualitative nel rumore presente all'interno della categoria rispetto all'*algoritmo Louvain*.
|
||
|
||
## Conclusioni
|
||
|
||
### 1️⃣ Quali sono le crate più importanti dell'ecosistema Rust?
|
||
|
||
Sia la *Degree Centrality* sia *PageRank* sembrano essere misure efficaci nella determinazione dell'importanza delle crate.
|
||
|
||
#### Numero di downloads
|
||
|
||
Attualmente, la misura di popolarità più comunemente usata è [il numero di download negli ultimi 90 giorni]; per effettuare confronti con essa, si aggiunge ai nodi `:Crate` la proprietà `downloadsPosition`:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
WITH c
|
||
ORDER BY c.downloads DESC
|
||
WITH collect(c) AS crates
|
||
UNWIND range(0, size(crates) - 1) AS position
|
||
SET (crates[position]).downloadsPosition = position
|
||
```
|
||
|
||
#### Top 10
|
||
|
||
Si mettono a confronto le prime dieci crate nella "classifica" di ciascuna misura con le loro posizioni nelle classifiche delle altre due:
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
RETURN c.name, c.downloadsPosition, c.degreeCentralityPosition, c.pageRankPosition
|
||
ORDER BY c.downloadsPosition
|
||
LIMIT 10
|
||
```
|
||
|
||
| c.name | c.downloadsPosition | c.degreeCentralityPosition | c.pageRankPosition |
|
||
|---------------|--------------------:|---------------------------:|-------------------:|
|
||
| "syn" | 0 | 12 | 6 |
|
||
| "rand" | 1 | 5 | 5 |
|
||
| "libc" | 2 | 15 | 10 |
|
||
| "rand_core" | 3 | 101 | 34 |
|
||
| "quote" | 4 | 13 | 2 |
|
||
| "cfg-if" | 5 | 60 | 21 |
|
||
| "proc-macro2" | 6 | 18 | 3 |
|
||
| "serde" | 7 | 0 | 1 |
|
||
| "autocfg" | 8 | 728 | 42 |
|
||
| "itoa" | 9 | 375 | 69 |
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
RETURN c.name, c.downloadsPosition, c.degreeCentralityPosition, c.pageRankPosition
|
||
ORDER BY c.degreeCentralityPosition
|
||
LIMIT 10
|
||
```
|
||
|
||
| c.name | c.downloadsPosition | c.degreeCentralityPosition | c.pageRankPosition |
|
||
|---------------|--------------------:|---------------------------:|-------------------:|
|
||
| "serde" | 7 | 0 | 1 |
|
||
| "serde_json" | 18 | 1 | 8 |
|
||
| "log" | 13 | 2 | 14 |
|
||
| "tokio" | 56 | 3 | 24 |
|
||
| "clap" | 35 | 4 | 23 |
|
||
| "rand" | 1 | 5 | 5 |
|
||
| "thiserror" | 64 | 6 | 41 |
|
||
| "anyhow" | 75 | 7 | 28 |
|
||
| "futures" | 62 | 8 | 35 |
|
||
| "lazy_static" | 15 | 9 | 12 |
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (c:Crate)
|
||
RETURN c.name, c.downloadsPosition, c.degreeCentralityPosition, c.pageRankPosition
|
||
ORDER BY c.pageRankPosition
|
||
LIMIT 10
|
||
```
|
||
|
||
| c.name | c.downloadsPosition | c.degreeCentralityPosition | c.pageRankPosition |
|
||
|----------------------------|--------------------:|---------------------------:|-------------------:|
|
||
| "serde_derive" | 16 | 14 | 0 |
|
||
| "serde" | 7 | 0 | 1 |
|
||
| "quote" | 4 | 13 | 2 |
|
||
| "proc-macro2" | 6 | 18 | 3 |
|
||
| "trybuild" | 826 | 96 | 4 |
|
||
| "rand" | 1 | 5 | 5 |
|
||
| "syn" | 0 | 12 | 6 |
|
||
| "rustc-std-workspace-core" | 2738 | 1231 | 7 |
|
||
| "serde_json" | 18 | 1 | 8 |
|
||
| "criterion" | 353 | 23 | 9 |
|
||
|
||
#### Coefficiente di correlazione per ranghi di Spearman
|
||
|
||
Si calcola il coefficiente di correlazione per ranghi di Spearman tra le misure proposte e quella "ufficiale":
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (a:Crate)
|
||
WITH a, (a.downloadsPosition - a.degreeCentralityPosition) as df
|
||
WITH sum(df * df) as s, count(a) as c
|
||
WITH toFloat(s) as s, toFloat(c) as c
|
||
RETURN s*6 / (c*((c*c) - 1))
|
||
```
|
||
|
||
```
|
||
0.5307312103396986
|
||
```
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (a:Crate)
|
||
WITH a, (a.pageRankPosition - a.downloadsPosition) as df
|
||
WITH sum(df * df) as s, count(a) as c
|
||
WITH toFloat(s) as s, toFloat(c) as c
|
||
RETURN s*6 / (c*((c*c) - 1))
|
||
```
|
||
|
||
```
|
||
0.5354846552781645
|
||
```
|
||
|
||
```cypher
|
||
MATCH (a:Crate)
|
||
WITH a, (a.pageRankPosition - a.degreeCentralityPosition) as df
|
||
WITH sum(df * df) as s, count(a) as c
|
||
WITH toFloat(s) as s, toFloat(c) as c
|
||
RETURN s*6 / (c*((c*c) - 1))
|
||
```
|
||
|
||
```
|
||
0.30165397372361336
|
||
```
|
||
|
||
### 2️⃣ Quali potrebbero essere altre *category* utilizzabili per classificare crate?
|
||
|
||
Gli algoritmi di *Label Propagation*, *Louvain* e *Leiden* sembrano essere ottime misure per raccogliere le crate in cluster analizzabili manualmente per determinare possibili *category* di crate.
|
||
|
||
#### Confronto con il thesaurus ufficiale
|
||
|
||
Molte delle *category* individuate esistono già nel [thesaurus ufficiale] in forme simili:
|
||
|
||
- la community "Internet" individuata è simile ai termini del thesaurus "API bindings" e "Web programming"
|
||
- la community "Electronics and embedded programming" trova corrispondenza nella category già esistente "Embedded development"
|
||
- la community "Videogames :: Emulation" corrisponde a quella realmente esistente "Emulators"
|
||
- la community "Videogames :: Data structures" è assimilabile a quella più generica "Data structures"
|
||
- la community "Videogames :: Graphics" è anch'essa assimilabile alla più generica "Graphics"
|
||
- la community "Testing" corrisponde a "Development tools :: Testing"
|
||
- infine, la community "Foreign function interface :: Operating system calls" corrisponde alle già esistenti "Development tools :: FFI" e "External FFI bindings"
|
||
|
||
Campionando più community di quelle dimostrate in questa relazione, si riuscirebbero probabilmente a individuare category nuove non ancora presenti.
|
||
|
||
#### Louvain o Leiden?
|
||
|
||
Non si è riusciti ad apprezzare differenze qualitative relative al rumore presente nelle community individuate da *Louvain* e *Leiden*.
|
||
|
||
Effettuare un'indagine più approfondita potrebbe rivelare maggiori informazioni, ma ciò va oltre lo scopo di questa relazione.
|
||
|
||
|
||
<!-- Collegamenti -->
|
||
|
||
[Crates.io]: https://crates.io/
|
||
[introduzione della relazione del progetto a tema Neo4J]: https://github.com/Steffo99/unimore-bda-4#introduzione
|
||
[thesaurus ufficiale]: https://github.com/rust-lang/crates.io/blob/master/src/boot/categories.toml
|
||
[crater]: https://github.com/rust-lang/crater
|
||
[Graph Data Science Library]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/
|
||
[Graph Catalog]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/management-ops/graph-catalog-ops/
|
||
[`gds.graph.project.cypher`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/management-ops/projections/graph-project-cypher/
|
||
[`gds.graph.project`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/management-ops/projections/graph-project/
|
||
[`gds.degree`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/algorithms/degree-centrality/
|
||
[si stimano]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/common-usage/memory-estimation/
|
||
[`gds.pageRank`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/algorithms/page-rank/
|
||
[Non essendo possibile creare grafi non diretti]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/management-ops/projections/graph-project-cypher/#_relationship_orientation
|
||
[`gds.labelPropagation`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/algorithms/label-propagation/
|
||
[`gds.louvain`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/algorithms/louvain/
|
||
[`gds.beta.leiden`]: https://neo4j.com/docs/graph-data-science/current/algorithms/leiden/
|
||
[il numero di download negli ultimi 90 giorni]: https://crates.io/search?sort=downloads |